शक की पहली वजह थी रोहित और उनकी पत्नी के बीच होने वाला झगड़ा, जो कि रोहित के अपनी महिलामित्र के साथ बैठकर शराब पीने के कारण हुई थी। दिल्ली में के हाई प्रोफाइल मर्डर केस में क्राइम ब्रांच की टीम को आखिरकार कामयाबी मिल ही गई। जिस बात का शक पुलिस को था वही हुआ, पुलिस ने रोहित शेखर की हत्या के मामले में उनकी पत्नी अपूर्वा को गिरफ्तार कर लिया। पूछताछ में अपूर्वा ने अपना गुनाह खुद ही कबूल लिया। दिल्ली क्राइम ब्रांच की टीम लगातार शनिवार से ही अपूर्वा से पूछताछ कर रही थी, जिसमें वो बार-बार अपना बयान बदल रही थी।
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शक होने पर पुलिस ने पहले अपूर्वा को हिरासत में लिया और फिर गिरफ्तार कर लिया। पूछताछ में अपूर्वा ने बताया कि हत्या वाली रात उनका रोहित के साथ झगड़ा हुआ था। झगड़े की वजह रोहित की महिलामित्र थी, जिसके साथ रोहित उस रात शराब पी रहा था। महिला के साथ शराब पीता देख अपूर्वा को गुस्सा आ गया, फिर दोनों के बीच बहुत ही तीखी बहस हुई। बात हाथापाई तक पहुंच गई और इसी दौरान अपूर्वा ने रोहित का गला दबाकर इस घटना को अंजाम दिया। दिल्ली क्राइम ब्रांच टीम की तरफ से जारी बयान में कहा गया कि अपूर्वा अपनी शादी से खुश नहीं थी, अपूर्वा ने उस वक्त उसका गला दबाया जब रोहित ने शराब के नशे में थे, उसने बिना किसी की मदद के रोहित की हत्या की, जल्द ही अपूर्वा को कोर्ट के सामने पेश किया जाएगा।
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पुलिस को अपूर्वा के ऊपर शक पहले से ही था, पोस्टमार्ट्म रिपोर्ट आने के बाद से ही अपूर्वा पुलिस के रडार पर थी, क्योंकि वो वकील थी इसीलिए बयान बहुत सावधानी के साथ दे रही थी और संभल-संभल कर बातें कर रही थी। लेकिन इसके बावजूद उसके बदलते बयान के आधार पर पुलिस ने उसके झूठ को पकड ही़ लिया। पुलिस का शक उस वक्त और गहरा गया जब पुलिस को अपूर्वा के मोबाइल का फॉर्मेट मिला। पुलिस ने मोबाइल फॉर्मेट होने के पीछे की वजह पूछी तो इस सवाल का जवाब अपूर्वा नहीं दे पाई और साथ ही ऐन मौके पर घर के सीसीटीवी का खराब होना भी घर के ही किसी आदमी की एक्टिविटी पर पुलिस के शक को और भी ज्यादा गहरा रहा था। पुलिस ने रोहित शेखर के परिवार के सदस्यों के अलावा उनकी बीवी अपूर्वा तिवारी के डीएनए सैंपल लिए थे, बालों और नाखूनों की फॉरेंसिक जांच भी करवाई गई थी। इसके अलावा रोहित शेखर के कमरे की वो तस्वीर भी बहुत कुछ कह रही थी जिसमें रोहित का शव मिला था। रोहित शेखर के बेड पर खून से सनी चादर, कुशन कवर और टिशू पेपर मिले थे।
रोहित की मां को भी पहले से ही 
अपूर्वा पर शक था, उन्होंने पुलिस को भी इस बात की जानकारी दी थी कि शादी के बाद से ही दोनों के बीच रिश्ते ठीक नहीं चल रहे थे, साथ ही उन्होंने रोहित की प्रॉपर्टी हड़पने की साजिश रचने का आरोप भी लगाया था।
रोहित शेखर उत्तर प्रदेश-उत्तराखंड के पूर्व सीएम एनडी तिवारी के बेटे थे। रोहित शेखर ने पिता एनडी तिवारी से काफी लंबी कानूनी लड़ाई थी, जिसके बाद ही उन्हें एक बेटे का हक मिल पाया था। कई साल केस चलने के बाद एनडी ने रोहित को अपना बेटा माना था, जिसके बाद 2018 में एनडी तिवारी की भी मौत हो गई थी और फिर 15-16 अप्रैल की रात डेढ़ बजे के करीब रोहित शेखर की हत्या हो गई।
